电子商务网站建设与一般企业网站建设的区别要从电子商务的概念说起。电子商务，即以电子方式在网络上完成一整套商品或服务交易的一种销售方式，关键体现在：是以电子支付来实现交易流程的方式。电子商务与原生态商务的最大区别在于其可以突破空间与时间的各种限制，以最快速、最快捷、最符合现代习惯于网络生活的一种商务交易方式。因此简单来说，电商网站与一般企业网站的区别在于：其功能指向性更强，目的性更明确，潜在辐射面更广。
电子商务网站建设与一般企业网站建设的区别还在于：除了要突出本企业与品牌的特性，阐述产品与服务的各项功能之外，首先要先分清自己属于电子商务的哪一个种类。电子商务按照交易的双方所归属的类型不同可分为一下几种不同的模式：B2C企业对个体消费者、B2B企业对企业、C2B零售定制、C2C个体消费者之间的交易、B2G企业对政府、BMC介于企业与消费者之间的媒介、ABC集生产&经营&消费为一体的平台。搞清楚自己的商业性质与服务对象的性质，这样才能更好的建设自有电商网站，使得所建设的网站功能性、可操作性以及盈利可能性更强。
电子商务网站建设与一般公司网站建设的区别还在与其目的指向的不同。除了介绍本企业与品牌之外，电商网站应该更注重于满足客户需求、为企业获取更大利润。网站建设对于电商来说相当于为电商企业开展业务打下地基，无论你的电商蓝图多么壮观伟岸，若是没有一个良好的电子商务网站建设作为基础的话，也就等于是在流沙上建大厦，随时都会有崩塌的可能。